Алексей Ч, нет никаких "основных" светофоров и "дублирующих" как таковых с необязательностью сигналов второго. Основной и дублирующий - это их роли по отношению к "объекту регулирования". Основной - это тот кто регламентирует конкретное действие применительно к конкретному объекту. В данном случае, Вы намекаете, что основной регулирует въезд на перекресток. Вы совершенно правы. Дублирующий светофор в данном случае - это светофор, повторяющий сигналы основного, но с другой точки.
Если объект регулирования первое пересечение, то светофор на въезде основной, светофор на противоположном конце - дублирующий. Если объект второе пересечение - то светофор на въезде к нему не относится, соответственно остается один светофор при отсутствии дублирующего уже для него. На последней картинке (с Вашего скриншота) вроде как как появился дублирующий и для него - основной теперь над проезжей частью на консоли, а дублирующий слева на стойке у перехода.
Повторяю, что светофор установленный на другом конце или в центре перекрестка на разделительной полосе, может повторять сигналы "входного светофора" (и тогда его можно назвать дублирующим применительно ко въезду на перекресток) или не повторять их, а работать с задержкой (и тогда он не дублирующий вообще). При этом требования ПДД вообще никак не зависят от от того, повторяет ли установленный на перекрестке светофор сигналы входного (т.е. является дублирующим) или нет. Реакция водителя на светофоры на перекрестке определяется исключительно одним фактом - нанесена ли перед ними стоп-линия (помимо той, которую он уже проехал ранее на разрешающий сигнал). Никаких слов "за исключением светофоров, сигналы которых дублируют сигналы светофоров, регулирующих въезд на перекресток" ни в пункте 13.7, ни в пункте 6.13 нет.
То, что Вы считаете, что нанесение стоп-линии перед вторым пересечением проезжих частей грубым нарушением правил организации дорожного движения - это исключительно Ваши персональные заблуждения. Нет ни одного документа, запрещающего это. Наоборот - это является типовой схемой организации движения. Ваша задача - исполнять требования ПДД, даже если Вам кажется, что тут какой-то не неправильный светофор повесили над проезжей частью, перед которым нельзя стоп-линии рисовать. Светофор над ПЧ повешен. на светофоре - запрещающий сигнал. Перед светофором - стоп-линия. Извольте соблюдать требования ПДД, которые не зависят от того, дублирует при этом данный светофор сигналы светофора на въезде или работает "в своем режиме". Никаких оснований игнорировать сигналы данного светофора, приближаясь к нему у Вас нет.