Александр, здравствуйте.
1. На практике скорее всего проще сделать так, как сказали в ГИБДД.
2. Если есть желание, то потребуйте в ГИБДД письменный отказ в возврате удостоверения (там должна быть указана причина отказа). Отказ можно оспорить вышестоящим лицам в ГИБДД или в прокуратуре. Однако это может занять много времени.
Удачи на дорогах!