Андрей, все можно сделать за один заход, то есть оплатив пошлины один раз.
Подробная инструкция приведена здесь:
Сохранение номеров автомобиля через Госуслуги
Дополнительно в пункте 6 заявления нужно указать Ваш старый номер, который находится на хранении.
Удачи на дорогах!