Алексей, здравствуйте.
При следующем обращении в ГИБДД потребуйте письменный отказ в регистрации автомобиля. В этом документе должна быть указана причина отказа. Это самый простой способ понять, что именно не устраивает ГИБДД.
Если же Вы хотите изучить вопрос самостоятельно, то прочитайте следующий раздел регламента: Исчерпывающий перечень документов, необходимых в соответствии с нормативными правовыми актами для предоставления государственной услуги, которые являются необходимыми и обязательными для предоставления государственной услуги, подлежащих представлению заявителем, способы их получения заявителем, в том числе в электронной форме, порядок их представления. Если все обязательные документы у Вас были, то отказ в регистрации незаконен и имеет смысл написать жалобу. Но для этого, опять же, нужен письменный отказ.
Удачи на дорогах!