з) время охраны груза и автомобиля во время стоянки на конечных и промежуточных пунктах при осуществлении междугородных перевозок в случае, если такие обязанности предусмотрены трудовым договором (контрактом), заключенным с водителем;
Для этого нужно внести в трудовой договор с водителем обязанность по охране автобуса в промежуточных пунктах. Кроме того, необходим документ работодателя о том, что время охраны груза засчитывается в размере 30 процентов (Вы как раз про такой и писали).
Разделение рабочего дня на 2 части в Вашем случае не применимо, т.к. перевозка регулярной не является.
Удачи на дорогах!