Алексей, здравствуйте.
Подобный вариант в нормативных правовых документах не рассматривается и на практике мне с ним сталкиваться не приходилось. Рекомендую Вам проконсультироваться в ГИБДД. Возможно, они разрешат перекрасить мотоцикл и лишь затем зарегистрировать его.
Удачи на дорогах!