Статья 4 Федерального закона "О государственной регистрации транспортных средств в Российской Федерации и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации":
1) владелец транспортного средства - собственник транспортного средства (за исключением лица, не достигшего возраста шестнадцати лет либо признанного недееспособным), или лицо, владеющее транспортным средством на праве хозяйственного ведения, на праве оперативного управления либо на основании договора лизинга, или один из родителей, усыновитель либо опекун (попечитель) лица, не достигшего возраста шестнадцати лет, являющегося собственником транспортного средства, или опекун недееспособного гражданина, являющегося собственником транспортного средства;
Федеральный закон говорит о том, что Вы являетесь владельцем транспортного средства.
Для начала напишите жалобу начальнику подразделения ГИБДД, где Вам отказали. В жалобе сошлитесь на приведенный выше пункт, подтверждающий, что Вы являетесь владельцем ТС и потребуйте зарегистрировать автомобиль.
Удачи на дорогах!