Лера-3, здравствуйте.
Рекомендую Вам изучить статью "
Какой договор выбрать для изменения собственника автомобиля?". В ней описаны все факторы, которые следует учесть при заключении сделки.
Что касается Вашего вопроса, то в случае продажи части автомобиля сестре, брат заплатит НДФЛ. Он сможет воспользоваться либо вычетом в размере 250 000 рублей, либо вычетом в размере половины суммы, за которую машина была приобретена отцом (с приложением соответствующего документа о покупке).
Например, машина куплена отцом за 1 000 000 рублей и договор о покупке сохранился. Брат продает свою долю сестре за 400 000 рублей. В этом случае брат сможет использовать вычет в размере до 500 000 рублей, который полностью покроет стоимость продажи. И налога не будет.
Удачи на дорогах!