Андрей-530, здравствуйте.
Да, в организации нужно будет оплатить стоимость изготовления табличек с номерами.
Государственную пошлину можно вернуть, т.к. номера ГИБДД Вам выдавать не будет.
Рифат выше написал верно, что лучше просто не платить госпошлину за действие, которое проводиться не будет. Для этого можно указать в заявлении на госуслугах, что выдача номеров не требуется.
Удачи на дорогах!