Эльдар-6, здравствуйте.
Если Вы обращаетесь в то же самое подразделение, то квитанции об оплаченных ранее пошлинах должны принять.
Когда я последний раз оформлял заявление, на Госуслугах была кнопка, позволяющая указать, что пошлина уплачена ранее. Сейчас такой кнопки нет?