Азат-13, здравствуйте.
Если говорить коротко, то в ГИБДД Вам отказали незаконно. Особенности работы программного обеспечения Вас волновать не должны. Получите в ГИБДД письменный отказ в сохранении номеров и на его основании напишите жалобу в прокуратуру.
Удачи на дорогах!