Пункт 67 правил регистрации:
Возобновление государственного учета транспортного средства, за исключением случаев, предусмотренных пунктом 68 настоящих Правил, осуществляется с присвоением государственного регистрационного номера. При возобновлении государственного учета транспортного средства, учет которого прекращен в связи со смертью владельца транспортного средства в соответствии с пунктом 58 настоящих Правил, при наличии волеизъявления нового владельца государственные регистрационные знаки, признанные в соответствии с пунктом 61 настоящих Правил недействительными и внесенные регистрационным подразделением в соответствующие разыскные учеты утраченной специальной продукции Госавтоинспекции, исключаются из числа разыскиваемых и сохраняются за транспортным средством.
То есть, если Вы изъявили такое желание, то номера автомобиля должны были сохранить за Вами. Что касается регистрационных документов, то про их сохранение в данном пункте не говорится.
Статья 14 главы 3 Федерального закона "О государственной регистрации транспортных средств в Российской Федерации и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации"
2. Регистрационными документами являются:
1) свидетельство о регистрации транспортного средства;
2) регистрационные документы, установленные нормативными правовыми актами Российской Федерации, РСФСР, СССР, выданные до 1993 года, в том числе свидетельство о регистрации транспортного средства, технический паспорт транспортного средства, технический талон транспортного средства.
То есть паспорт транспортного средства регистрационным документом не является.
В описанной Вами ситуации имеет смысл оспорить изъятие ПТС.
Удачи на дорогах!