Дмитрий, здравствуйте.
В данном случае отец сначала должен продать автомобиль Вам по договору купли-продажи. После этого номера уже принадлежат Вам и Вы можете оставить их в ГИБДД на хранение. Т.е. можно все выполнить за одну операцию в ГИБДД.
Удачи на дорогах!