mangut38, в ПРАВИЛАХ СДАЧИ КВАЛИФИКАЦИОННЫХ ЭКЗАМЕНОВ И ВЫДАЧИ ВОДИТЕЛЬСКИХ УДОСТОВЕРЕНИЙ написано:
12. Прием экзаменов у граждан, выдача и замена им водительских удостоверений осуществляется Государственной инспекцией на территории того субъекта Российской Федерации, где гражданин зарегистрирован по месту жительства или по месту пребывания.
13. Прием экзаменов, выдача и замена водительских удостоверений гражданам Российской Федерации, не зарегистрированным по месту жительства или по месту пребывания, осуществляется Государственной инспекцией по месту их фактического проживания.
Ваша жена зарегистрирована в Москве по месту пребывания и поэтому она вполне может обменять свое ВУ в Москве. Поскольку фамилия поменялась, то и свидетельство о браке придется предоставить.