Сергей, здравствуйте.
Для получения номеров нужно будет на новой машине ехать в то подразделение, где они будут сданы на хранение, то есть в Магадан. Это самый распространенный вариант.
Другой вариант. Вы снимаете номера со старого автомобиля, едете (летите) с ними в Хабаровск, оставляете номера на хранение там, новые номера привозите в Магадан и продаете машину с этими новыми номерами. Затем получаете на новую машину номера с хранения.
Удачи на дорогах!